专注基因技术

MiSeq FGx 法医基因组学系统

专注法医功能。 
第一台经过充分验证的系统,适合法医基因组学。

概述

MiSeq FGx法医基因组学系统是为法医基因组学应用而设计的。这个从样本到答案的完整流程使用专门的文库制备试剂盒、定制的仪器控制软件以及分析软件,支持常规和挑战性法医样本的可靠分析。

系统

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MiSeq FGx法医基因组学系统是第一台为法医基因组学应用而设计、经过充分验证的测序系统。这个从样本到答案的完整系统使用专门的文库制备试剂盒、定制的仪器控制软件以及分析软件包,支持常规和挑战性法医样本的可靠分析。

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Illumina技术带来了高度准确的逐个碱基测序,几乎避免了序列背景特异的错误,即使是在重复区域或均聚物中。
我们的边测序边合成 (SBS)技术是目前最广泛采用的新一代测序技术。通过专利的可逆终止子方法可获得出色的数据质量。
这种方法在单个碱基掺入大规模并行的DNA链时检测它们。在每个dNTP掺入时,对荧光终止子染料进行成像,随后切割以利于下一个碱基的掺入。
在每个测序循环中,所有四种可逆终止子结合的dNTP都存在,这种碱基之间的天然竞争最大限度减少了掺入偏向。在每个循环过程中,通过直接测定信号强度来进行碱基检出,与其他技术相比,这大大降低了原始错误率。

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MiSeq FGx系统的流程是简单、自动化且快速的: 
• 小巧、一体化的平台融合了簇生成、双端流体设备和SBS技术
• 直观的触摸屏界面实现了简单的仪器操控
• 带有RFID追踪的即插即用试剂提升速度和便利
MiSeq FGx系统包括离线的数据分析软件。它预先安装在一个基本的服务器上,单独出售。

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利用各种关键指标和彩色编码来测量性能和报告状态,可实时监控每次运行。原始的簇密度及其他指标都经过精心开发和验证,以确保法医样本获得最佳的测序结果。

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MiSeq FGx仪器是一个完全集成并充分验证的新一代靶向测序系统中的一部分,此系统还包括专门的文库制备试剂盒,以及为法医基因组学应用而设计的从样本到答案的软件方案。您可以选择预先安装并验证的法医基因组学流程,也可以选择研究流程。它们都使用直观的触摸屏界面以及带有RFID追踪的预装法医试剂卡盒,在整个测序流程的每一步给您指导。

仅供科研、法医和亲子鉴定使用。


参数

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流程

在MiSeq FGx仪器上运行的分析遵循一个简单的三步过程。从提取自案件(未知)的证据样本或已知的参考样本的DNA开始。之后制备DNA样品用于靶向测序,具体是添加引物,生成扩增子,随后在新一轮扩增中以索引标记。将文库加入MiSeq ForenSeq试剂夹盒中,再上样到MiSeq FGx仪器上进行测序。

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制备

• 从基因组DNA开始
• 创建样品表
• 生成带索引的文库
测试

• 启动MiSeq FGx仪器
• 将文库加入预分装、即用型的MiSeq ForenSeq试剂夹盒中
• 上样到MiSeq FGx,按下GO
分析

• 利用专门的ForenSeq Universal Analysis Software分析数据
• 解释结果并生成报告

仅供科研、法医和亲子鉴定使用。

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从法医专用的文库制备试剂盒到自动化的数据报告,MiSeq FGx 系统带来了行业中最完整的一体化流程。

应用

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疑难检材提取DNA往往含量较低且高度降解。MiSeq FGx可以很好解决上述两个问题。首先,样品制备试剂盒包含233个位点,实验证明以低至100 pg检材DNA起始,依然可以获得90%以上的STR位点和80%以上的SNP位点。其次,身份识别SNP位点扩增子长度均小于125 bp,实验证明以高度降解样品起始,依然可以检测到全部95个身份鉴定SNP及50%以上的STR。

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超高测序通量和较深的序列覆盖度,使得MiSeq FGx具有极高的信噪比/分辨率。同时,分析软件可以很好将干扰(如stutter)与真实信号区别开来。上述两点优势决定了MiSeq FGx非常适合于单一样品/混合样品来源鉴定。实验结果表明,MiSeq FGx可准确检测出低至5%的混合样品。

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相较于高变区而言,线粒体全基因组可以提供更多信息。线粒体无关个体突变频率调查或线粒体家系突变频率调查,具有重要的群体遗传学意义。单次运行可完成96个线粒体基因组测定,使得MiSeq FGx系统非常适合于开展线粒体基因组研究项目。


文献

Development and assessment of an optimized next-generation DNA sequencing approach for the mtgenome using the Illumina MiSeq.

McElhoe JA, Holland MM, Makova KD, Su MS, Paul IM, Baker CH, Faith SA, Young B.
Forensic Sci Int Genet
13: 20–29
2014

High-quality and high-throughput massively parallel sequencing of the human mitochondrial genome using the Illumina MiSeq.

King JL, LaRue BL, Novroski NM, Stoljarova M, Seo SB, Zeng X, Warshauer DH, Davis CP, Parson W, Sajantila A, Budowle B.
Forensic Sci Int Genet
12: 128–135
2014

My-Forensic-Loci-queries (MyFLq) framework for analysis of forensic STR data generated by massive parallel sequencing.

Van Neste C, Vandewoestyne M, Van Criekinge W, Deforce D, Van Nieuwerburgh F.
Forensic Sci Int Genet
9: 1–8
2014

Massively parallel sequencing of forensically relevant single nucleotide polymorphisms using TruSeq™ forensic amplicon. International Journal of Legal Medicine.

Warshauer DH, Davis CP, Holt C, Han Y, Walichiewicz P, Richardson T, Stephens K, Jager A, King J, Budowle B. Validation of high throughput sequencing and microbial forensics applications.
Int J Legal Med
129(1):31-6
2015

Validation of high throughput sequencing and microbial forensics applications.

Budowle B, Connell ND, Bielecka-Oder A, Colwell RR, Corbett CR, Fletcher J, Forsman M, Kadavy DR, Markotic A, Morse SA, Murch RS, Sajantila A, Schmedes SE, Ternus KL, Turner SD, Minot S.
Investig Genet
5: 9
2014

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