专注基因技术

Chromium 大片段建库系统

长读长测序的明星。实现结构变异和单体型等分析,
还可提供高效的单细胞测序完整解决方案。

概述

GemCode技术平台全新升级,推出了最新的Chromium系统。利用数百万独特的DNA序列标记的GEMs, Chromium系统可揭示重要的基因组信息。

系统


Chromium系统是10x Genomics公司的最新产品,和该公司前一代产品GemCode相比,微反应体系数量提升至一百万个,标签数量提升至四百万种。该系统能同时将全基因组分析、外显子组分析和单细胞转录组分析三种应用集成在同一个系统上。Chromium系统特有的Linked Reads技术可以带来Mb级的测序长度和超低成本的高通量单细胞转录组测序。
Chromium系统可以将细胞或任意长度的DNA分子分配到一百万个独立的微反应体系中。每个微反应体系中的DNA片段都会获得唯一的分子标签。

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Linked Reads长读长(10 -100 Kb)测序可以在全基因组范围内进行染色体定相(phasing)和结构变异的研究。该技术是发现遗传疾病中的重要变异和癌症基因组中关键变化的突破性手段。Chromium系统只需要1 ng基因组DNA,就可获得1 0 Mb以上的单倍型块(haplotype blocks),实现对定相突变(phasing mutation)和结构变异的分析。Chromium系统同时提供基于强大算法的分析软件,可以对插入缺失,拷贝数变化,染色体倒位、易位和重复等多种类型的结构变异进行分析并呈现可视化结果。
Chromium系统还可以提供前所未有的高效单细胞测序完整解决方案。可低成本的实现从细胞悬液到转录组测序数据的获取及解读。Chromium系统可以在10分钟内完成48000个细胞的分离和标记,通过Linked Reads技术可以同时得到每个被测细胞的独立转录组信息。

参数

流程

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• 凝胶珠子:提供百万种不同的DNA标签序列,每个珠子包含高达1亿个Oligo分子,凝胶珠子只在油滴中溶解。
• 油滴:提供均一的油包水体系,提供百万数量级的独立反应体系
• GEMs:凝胶珠子被油滴包裹形成GEMs, 全部油滴同步进行独立反应,大于90%的油滴只会获得唯一的分子标记

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• 一次性微流控芯片:高度自动化,每分钟产生数以百万计的油滴
• 单一仪器:触摸屏操作,~10分钟运行时间

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清晰的结果:单分子分辨率,大规模的单细胞分析

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应用

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可提供超长片段的全基因组信息,进行突变检出、单倍体分型和基因组结构鉴定。能够揭示遗传性疾病关键的变异,并发现与癌症相关的关键变异。

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可提供长片段基因信息进行单倍体分型、结构变异检测和拷贝数测定。可得到短读长测序无法获得的基因组复杂区域和重复区域信息。

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利用Chromium Single Cell 3’端转录组测序技术,在细胞水平进行高通量数字化基因表达谱分析,可对复杂细胞群进行深入分析。追踪单个细胞的表达谱,避免单个细胞的生物学相关信号被大量细胞的平均化测定数据所掩盖。

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利用Supernova Assembler系统,可发现真实的基因组信息,并且成本低、质量高。不需要任何类型的参考序列,即可揭示样本特异性序列,适用于二倍体基因组结构研究。


文献

A hybrid approach for de novo human genome sequence assembly and phasing.

Mostovoy Y, Levy-Sakin M, Lam J, Lam ET, Hastie AR, Marks P, Lee J, Chu C, Lin C, Džakula Ž, Cao H, Schlebusch SA, Giorda K, Schnall-Levin M, Wall JD, Kwok PY.
Nat Methods
13(7):587-90
2016

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