专注基因技术

农业

人口的指数增长和气候变化给人类维持粮食供应带来了特殊的挑战。为了克服这一点,许多人转而求助科学。农业基因组学(agrigenomics),即基因组学在农业中的应用,业已并将继续推动可持续的生产力,并为养活全世界不断增长的人口的挑战提供解决方案。
通过新产品和应用的不断开发,Illumina正在不断创新方法以协助动植物育种学家及研究者确定理想的性状,从而获得更健康、更高产的作物和牲畜。

动植物基因分型
如今的农业基因组学研究者手上有许多种技术。基于芯片的SNP基因分型和测序都被作为发现和筛选工具,在育种决策中提供帮助。
无论您是开展大规模的全基因组关联研究(GWAS),还是作为商业化实验室的一部分提供遗传学服务,Illumina都能提供行业领先的数据质量以及满足任何应用的灵活性内容。

1、精细作图和候选基因区域的基因分型
动植物基因分型可用于创建精细图谱和/或检验基因型-表型假说。结果可用于开展数量性状位点(QTL)分析,以鉴定差异基因表达如何导致表型差异。
2、拷贝数变异
拷贝数变异(CNV)作为一种常见的天然多样性特征,也是遗传的,并且在农业基因组学中发挥重要作用。CNV的差异与健康和生产性状相关联,也导致了表型的多样性。高密度分布的探针可用于鉴定CNV断点,并最终加速遗传改良工作。研究者仍在确定CNV的影响是关键基因片段的拷贝数差异的结果,还是基因组结构修饰的结果,还是与二者都相关。
3、定制的动植物基因分型
并非每一个非人类物种都经过大量的遗传研究,这导致某些植物和动物缺乏商业化的基因分型芯片。Illumina提供利用感兴趣物种已发现位点来定制的芯片试剂盒,从而让基因分型研究能够鉴定出与所需的表型性状相关联的变异。通过与大型农业基因组学联盟的不断合作,Illumina的技术正被用于鉴定大量物种的相关新标记。
4、全基因组关联分析
整个基因组的关联作图让人们深入了解将性状与物种的适应(如各种各样的环境条件)相关联的基因位置与结构。这些研究的结果支持植物和动物全基因组选择应用(指纹、净价值和分子标记辅助育种),能增强经济作物和牲畜的价值。Illumina提供商业化芯片,定制芯片以及半定制芯片。

动植物测序
如今的农业基因组学研究者手上有许多种技术。基于芯片的SNP基因分型和测序都被作为发现和筛选工具,在育种决策中提供帮助。
无论您是开展大规模的全基因组关联研究(GWAS),还是作为商业化实验室的一部分提供遗传学服务,Illumina都能提供行业领先的数据质量以及满足任何应用的灵活性内容。

1、De Novo 植物和动物测序
无论一个研究项目是关注新物种,还是之前从未使用遗传工具研究过的物种,de novo 测序和新一代测序(NGS)都是了解植物或动物的功能及其与环境相互作用的遗传基础的第一步。有了长的paired和mate-pair序列数据,一些研究人员能利用组装好的基因组来指定图谱位置和育种信息,以便在后续的重测序中能发现SNP及其他遗传变异。>
2、拷贝数变异
RNA 测序正在彻底改变动植物基因表达的研究,为发育以及疾病和压力条件下发生的表达水平变化提供新的见解。它用来阐明基因和蛋白质的功能及相互作用,鉴定动物或植物基因组所产生的组织特异的RNA转录本列表(mRNA、非编码RNA和小RNA),及用于SNP发现。>
3、定制的动植物基因分型
对环境变化(食物供应、干旱条件等)的适应性反应可引发植物和动物的表型变化,从而影响它们的生存能力和生殖健康。利用测序来鉴定DNA甲基化、染色质结构和小RNA表达的变化,研究人员可以更好地理解表观遗传学因素如何控制感兴趣物种的相应性状。>
4、全基因组关联分析
靶向重测序深入研究外显子组或特定的基因组区域,这些区域是从大型的关联或连锁研究中鉴定出来的。这种高效而经济的方法对大量样品中预先确定的遗传变异区域进行测序,并鉴定出常见和稀有的变异(SNP、CNV等)。这些变异可能代表了有益的突变,帮助做出育种决策,也可能揭示致病突变,它们引起了动植物疾病或寄生虫易感性。>
5、基于测序的基因分型
基于测序的基因分型(GBS),或新一代基因分型 (NGG),为发现新的植物和动物SNP和开展基因分型研究提供了一种低成本的遗传筛查方法,往往在多个标本中同时开展。有了这个低成本的常规筛查工具,研究人员可加速育种实践中的投资回报。这种方法的应用包括遗传作图,筛查回交系,纯度检测,构建单体型图谱,以及开展植物农业基因组学研究的关联和基因组选择。
6、全基因组关联分析
测序已经改变了环境基因组学,让大型微生物群落可在其天然环境中进行研究,而不需要预先培养。这些研究可从与动物和植物发育相关的复杂而多样的微生物群落中得到重要信息,这些微生物群落包括从增强动物消化的瘤胃菌群到参与固氮的根相关细菌。>
NGS一直在推进微生物研究。有了NGS,您能够测定基因组中任何位置的变化,而无需先验知识,这对无法培养的微生物尤其关键。单碱基分辨率让您能够追踪短期内微生物在实验室和环境中的适应情况。

主要研究方案

> BovineHD BeadChip

最全面的全基因组牛基因分型芯片,特有超过77.7万个SNP,适用于任何品种的肉牛和奶牛。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/bovinehd_whole-genome_genotyping_kits.html

> BovineLD Genotyping BeadChip

以经济的价格,将基因组选择扩展到整个牛群。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/bovineld-genotyping-beadchip.html

> BovineSNP50 v2 DNA Analysis BeadChip

高密度的多样品牛基因分型,适用于主要奶牛和肉牛品种的基因组鉴定。

更多详情: http://www.illumina.com.cn/products/bovine_snp50_whole-genome_genotyping_kits.html

> CanineHD 全基因组基因分型 BeadChip

实现了任何家犬品种的遗传变异分析,为品种内的关联和拷贝数变异(CNV)研究提供了充足的SNP密度。

更多详情: http://www.illumina.com.cn/products/caninehd_whole_genome_genotyping.html

> MaizeLD BeadChip Kit

适合依赖性派生品种评估和玉米育种应用。所用的样品包括Plant Variety Protection Act panel。

更多详情: http://www.illumina.com.cn/products/maize-ld-beadchip.html

> MaizeLD BeadChip Kit

适合依赖性派生品种评估和玉米育种应用。所用的样品包括Plant Variety Protection Act panel。

更多详情: http://www.illumina.com.cn/products/maize-ld-beadchip.html

> Infinium iSelect HD and HTS Custom Genotyping BeadChips

为任何研究设计定制的基因分型芯片,检测任何物种多达100万个标记(SNPs、indels或CNVs)。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/content/illumina-marketing/apac/zh_CN/products/infinium_iselect_custom_genotyping_beadchips.html

> OvineSNP50 DNA Analysis Kit

特有超过54,241个均匀间隔的SNP探针,适合全基因组关联研究、全基因组选择、遗传优势的确定,以及其他。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/ovinesnp50_dna_analysis_kit.html

> PorcineSNP60 DNA Analysis Kit v2

这款24个样品的全基因组基因分型芯片检测超过64,000个均匀分布的SNP,实现了多个猪品种的出色遗传变异分析。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/porcinesnp60_dna_analysis_kit.html

> Nextera DNA Library Preparation Kit

这些试剂盒提供了最快、最轻松的文库制备流程。全基因组测序文库的生成不到90分钟,而手工操作不到15分钟。

更多详情: http://www.illumina.com.cn/products/nextera_dna_library_prep_kit.html

> Nextera XT DNA文库制备试剂盒

在不到90分钟的时间内制备小型基因组(细菌、古细菌、病毒)、扩增子以及质粒的测序即用文库,而手工操作时间只有15分钟。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/nextera_xt_dna_library_prep_kit.html

> Nextera环化配对样本制备试剂盒

一种制备高达12 Kb mate pair文库的方法,它无需凝胶,对DNA起始量的要求低。
它是de novo测序、基因组完成和检测结构变异的理想方法。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/nextera-mate-pair-sample-prep-kit.html

> TruSeq DNA PCR-Free文库制备试剂盒

一切全包的简单文库制备,适合全基因组测序应用。
研究人员可以测序各种生物体,从小型基因组,如细菌,到整个人类基因组。

更多详情: http://www.illumina.com.cn/products/truseq-dna-pcr-free-library-prep-kits.html

> TruSeq Nano DNA文库制备试剂盒

从低至100 ng DNA生成全基因组测序文库。保留DNA有限的珍贵样品,以备将来使用。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/truseq-nano-dna-library-prep-kit.html

> TruSeq Custom Amplicon v1.5

TruSeq Custom Amplicon测序分析适合高度靶向的应用。以快速高效的方式发现、验证和筛查遗传变异。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/truseq_custom_amplicon.html

> TruSeq ChIP Library Prep Kit

从ChIP来源的DNA中制备ChIP-Seq文库。

更多详情:http://www.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/truseq-chip.html

> TruSeq Stranded Total RNA Sample Prep Kit

TruSeq链式总RNA文库制备试剂盒以一个简化、经济且可扩展的测序总RNA分析解决方案,
提供了最清晰、最完整的转录组视图。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/truseq_stranded_total_rna_library_prep_kit.html

> TruSeq Stranded Total RNA with Ribo-Zero Plant

利用这个RNA-Seq文库制备试剂盒,捕获植物转录组的完整视图。去除各种植物的叶片、种子和根部组织中的rRNA。

更多详情:http://www.illumina.com.cn/products/truseq-stranded-total-rna-plant.html

> TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit

准确测定mRNA链的方向,以检测反义转录及发现选择性转录本、基因融合和等位基因特异的表达。

更多详情:http://www.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/truseq-stranded-mrna.html

> TruSeq Small RNA Library Prep Kit

灵敏的microRNA分析试剂盒。

更多详情: http://www.illumina.com/products/by-type/sequencing-kits/library-prep-kits/truseq-small-rna.html

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